Aufgrund einer mangelnden Zahl von Beobachtungen kann es sinnvoll sein, die klassenbedingten Varianzen zu glätten. Dazu wurden zwei Verfahren eingesetzt:
Eingesetzt wurde diese Verfahren mit 
= 3000, wobei der Fall
bei Triphonen, die mindestens 50 mal gesehen worden
sind, nicht eintritt.
wobei 
die bereits geglättete Varianz am Vaterknoten von 
und 
ist und
über eine Sigmoidfunktion durch die Zahl der Beobachtungen am Knoten t:
berechnet wird:
